Il laboratorio fornisce strumenti informatici per supporto alle attività di calcolo; mette a disposizione un vasto insieme di applicazioni professionali per il calcolo e servizi software e hardware per il calcolo parallelo, calcolo distribuito, analisi dei dati. 

Il personale del laboratorio offre supporto sull'utilizzo del software, supporto per le attività di calcolo, e supporto nello sviluppo, ottimizzazione e parallelizzazione dei codici. 

Gli utenti hanno a disposizione numerosi applicativi software: prodotti specifici e librerie per il calcolo numerico, calcolo parallelo, calcolo distribuito, analisi dei dati, principali compilatori, pacchetti di matematica simbolica e di computer algebra, come anche software per la visualizzazione e l'elaborazione di grafici ed immagini. 

Tutti i servizi sono accessibili dalle postazioni dedicate e da remoto.

Le risorse di calcolo a disposizione degli utenti sono installate su un cluster denominato Gauss. 
Il cluster è costituito da due nodi:

La gestione e l'accesso degli utenti al cluster dedicato al calcolo intensivo,  avvengono tramite il server gaussctl sul quale è installato SLURM, Simple Linux Utility for Resource Management. 

Per accedere alle risorse del cluster è richiesta un'utenza di accesso ai server dipartimentali.

Informazioni base per utilizzo cluster Gauss

Per mandare in esecuzione programmi sul cluster:

collegarsi al server gaussctl.mat.uniroma1.it

la cartella di lavoro dove si trovano i file da eseguire, ed i file in input, deve essere sotto la home dell’utente (/home/username)

mandare in esecuzione il programma utilizzando i comandi messi a disposizione da SLURM.
 

Per avere l'elenco completo dei comandi, consultare l'help in linea alla voce slurm (digitare man slurm).
Alcuni dei comandi disponibili sono:

   srun          per inviare jobs sul cluster per il calcolo
   sbatch      per sottomettere un batch script sul cluster per il calcolo
   squeue     per visualizzare la coda dei jobs sul cluster per il calcolo
                    (ogni utente può visualizzare solo i propri job)
   scancel    per interrompere un jobs sul cluster per il calcolo
   sinfo         per visualizzare informazioni relative al cluster per il calcolo

Esempi

Per inviare un programma sulle code di esecuzione del cluster

1. scrivere uno shell script, ad esempio run_mio_prog.sh, contenente le seguenti righe:
         #!/bin/sh
         #SBATCH  --mail-type=ALL   --mail-user=indirizzo_email
         #SBATCH  -c numTot
         srun   -c num   -i  in_mioprog    -o  out_mioprog   mio_prog
   dove   
      numTot             è il numero di processori richiesti per l'esecuzione del job all'interno del batch
      num                  è il numero di processori richiesti per l'esecuzione del singolo job srun
      mio_prog          è il file da eseguire
      in_mioprog       è il file contenente i dati in input
      out_mioprog     è il file di output
      indirizzo_email è l'indirizzo e-mail al quale deve essere inviata la notifica.
    
2. lanciare l'esecuzione, inviando il comando
     sbatch   run_mio_prog.sh  

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Per inviare  programma MATLAB sulle code di esecuzione del cluster

1. sviluppare e compilare il codice su una macchina terza, ad esempio marte.mat.uniroma1.it.
   Compilare il codice usando il compilatore matlab:
       mcc   -m   -R  '-nojvm,-nodisplay'  -v  CODICE.m

2. copiare su gaussctl i seguenti file generati dal compilatore:
      CODICE
      run_CODICE.sh

3. scrivere uno shell script, ad esempio  esegui_prog.sh, contenente le seguenti righe:
         #!/bin/sh
         #SBATCH  --mail-type=ALL   --mail-user=indirizzo_email
         #SBATCH  -c num
         srun   -c num  -o  out_mioprog  run_CODICE.sh  /usr/local/MATLAB/MATLAB_Runtime/vxx/
   dove 
      num                   è il numero di processori richiesti per l'esecuzione del job
      out_mioprog      è il file di output
      indirizzo_email  è l'indirizzo e-mail al quale deve essere inviata la notifica
      vxx                    indica la versione da utilizzare di MATLAB runtime environment (disponibile v912)  

4. lanciare l'esecuzione, inviando il comando
       sbatch   esegui_prog.sh 

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Come inviare un programma R sulle code di esecuzione del cluster
 Per eseguire il programma HelloWorld.R, contente le seguenti righe
            # R program to print Hello World     aString = "Hello World!"     print ( aString)

1. scrivere uno shell script, ad esempio  esegui_prog.sh, contenente le seguenti righe:
         #!/bin/sh
         #SBATCH  -c 1
          srun   -c 1  -o  out_mioprog  Rscript ./HelloWorld.R
   dove
      out_mioprog      è il file di output
    
2. lanciare l'esecuzione, inviando il comando
   sbatch   esegui_prog.sh

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Utilizzo delle librerie NVIDIA GPU cuda
per utilizzare le librerie NVIDIA GPU cuda (sia in matlab che in altri linguaggi), inviare il codice sulla coda mat-GPU di gauss0 (che dispone di una GPU), utilizzando l'opzione -p:
    sbatch -p mat-GPU ....
    srun -p mat-GPU ...  

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Per avere informazioni sullo stato delle CPU
        sinfo   -o   %C
Verrà visualizzato il numero di CPUs Allocated/Idle/Other/Total.
Per maggiori informazioni consultare l'help in linea con il comando "man sinfo".
 

Per ulteriori informazioni si consiglia di consultare la documentazione disponibile sul sito Slurm.